SIMULASI DINAMIKA MOLEKULAR SENYAWA PYRIDIN PADA PROTEIN 2XNB SEBAGAI ANTIKANKER MENGGUNAKAN APLIKASI GROMAS

Abstract

Kanker adalah penyakit yang disebabkan oleh ketidakteraturan perjalanan hormone yang mengakibatkan tumbuhnya daging pada jaringan tubuh yang normal atau sering dikenal sebagai tumor ganas. Efek toksisitas yang ditimbulkan pada setiap senyawa obat antikanker selalu menjadi problem dalam pengobatan kanker dengan cara kemoterapi, maka dari itu perlu dicari alternatife lain untuk mengatasi kanker. Dinamika molekul adalah teknik simulasi komputer yang mengamati pergerakan molekul molekul yang saling berinteraksi dengan menyimulasikan molekul yang saling menarik dan mendorong dan menabrak satu sama lain. Simulasi dinamika molekul memberikan informasi statik dan dinamik pada skala atomik yang selanjutnya dapat diolah menjadi informasi skala makroskopik seperti tekanan, temperature. Salah satunya adalah aplikasi gromacs yang dapat memvisualisasi struktur molekul dan dapat menyimulasi dinamika molekul. Dari hasil uji coba, dapat disimpulkan bahwa simulasi protein dan ligan terjadi peningkatan nilai RMSD diawal dan stabil pada waktu 0,1 ps sampai 0,3 ps. Peningkatan terjadi pada waktu 0,4 Dari analisis RMSD simulasi protein dan ligan tampak lebih stabil karena fluktuasi lebih rendah daripada simulasi protein tanpa ligan. Nilai RMSD menunjukkan angka konstan pada 0,2 nm Sedangkan pada RMSF terjadi fluktuasi pada simulaasi terjadi di sekitar 0,5.