Universitas Bakti Tunas HusadaSTUDI KOMPUTASI SENYAWA 1,3-bis(methylsulfinyl)benzene dengan METODE SIMULASI DINAMIKA MOLEKULER pada APLIKASI GROMACS 2019
Abstract
Senyawa 1,3-bis(methylsulfinyl)benzene yang merupakan senyawa turunan sulfonamid yang di ujikan pada simulasi dinamika molekuar menggunakan aplikasi gromacs 2019. Simulasi dinamika molekuar merupakan simulasi penambatan dimana atom dan molekul di ijinkan berinteraksi dalam jangka waktu tertentu, sehingga senyawa 1,3-bis(methylsulfinyl)benzene di ujikan terhadap reseptor 4HIJ. Pengujian dilakukan selama 1 ns. kemudian dialanisis dalam bentuk grafik terhadap nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) dan nilai RMSF.dimana senyawa 1,3-bis(methylsulfinyl)benzene dilihat pada grafik RMSD stabil pada waktu 0,13 sampai 0,31 nano detik. Simulasi yang dilakukan selama 2 nano detik menimbulkan pergerakan ligan terhadap protein sehingga ligan berikatan dengan residu tyr168, val228,leu268, dan gly305.
Full Text:
PDF (Indonesian)References
[RISKESDAS] Riset Kesehatan Dasar. 2007.
Jakarta: Badan Penelitian dan
Pengembangan Kesehatan, Departemen Kesehatan, Republik Indonesia.
Akmal, Mutaroh, dkk., Ensiklopedi Kesehatan, Jogjakarta, Ar-Ruz Media, 2010.
Alagarsamy V, Rajesh R, Ramaseshu M, Vijaykumar S, Ramaseshu K. V., and DuraianandakumarT., 2004, Synthesis,
analgesic, anti-inflamatory and antibacterial activities of some novel 2-methylthio-3-substituted quinazolin-4(3H)-ones. Bio Pharm Bull. 27, 652-656.
Arwansyah, 2014, Simulasi Molecular Docking
Senyawa Kurkumin Dan Analognya
Sebagai Selective Androgen Receptor
Modulator (Sarms) Pada Kanker Prostat,
Bogor, Institut Pertanian Bogor.
Benigni, J.D., Minnis, R.L. (1965),The Synthesis of 5,6-Dihydroxyindole andSome of Its Derivatives, J.Heterocycl,Chem, hal 387– 392.
Chotimah, Baitin Khusnul (2014) Bimbingan keagamaan Islami dalam mengatasi distres spiritual pasien kanker di RSU & Holistik Sejahtera Bhakti Salatiga.
Undergraduate (S1) thesis, UIN Walisongo.
Ditjen POM ( 1995). Farmakope Indonesia. Edisi IV.Jakarta: Departemen Kesehatan R.I.
Farkhani A. 2012. Analisis Dinamika Molekuler
Hasil Penambatan Kompleks α-Glukosaidase dengan Sulokrin. [Skripsi]. Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia.
Fessenden, R. J., and Fessenden, J. S., 2005.Kimia Organik. Jilid II, Edisi Ketiga. Jakarta : Erlangga.
Georgieva M, Zlatkov B., Zlatkov A. 2014.
Applying Pharmmapper Server As Tool
For Drug Target Identification For Some
Diphenylmethylpiperazine Amides. World
Journal Of Pharmacy And Pharmaceutical
Sciences.
Gunasekaran, dkk., 1996. Disallowed Ramachandran conformations of amino acid residues in protein structures, pubmeb, 264(1):191-8.
Gysin, S., Megan S., Amy Y., dan Frank M., 2011, Theurapeutic Strategies for Targeting Ras Protein, Pubmeb, 2(3): 359–372.
Harahap, 2008. Simulasi Dan Visualisasi Dinamika Molekul Dengan Model Potensial Lennard Jones. Medan, Universitas Sumatera Utara.
Jusuf, A.A., 2008. Apek Genetik Kanker. Jakarta, Universitas Indonesia.
Kachhadia V. V., Patel M. R., and Joshi H. S., 2004., Heterocyclic system containing S/N regioselective nukleophilic competition: facile synthesis, antitubercular and antimicrobial activity of thiohydantoins and iminothiazolidinones containing the benzo[b]thiophene moiety. J Serb Chem Soc. 70, 2, 153-161.
Kakizoe, T., 2003, Chemoprevention of Cancer Focusing on Cinical Trial, Nationa Cancer Center, Jpn.J.Clin.Oncol., 33(9): 421-442
Kossakowski J., and Struga M, Synthesis of
thiourea derivates of 1H-Isoindol-1,3(2H)-
dione as potential antiviral agents, Ann
Univ Mariae Currie-Sklodowska Lublin-
Polonia. ,2006; 111, 186-191.
M.A.Nakisah, J. W. Tan, and Y.Mohd Shukri, 2011, Anti-Cancer Activities of Several Synthetic Carbonylthiourea Compounds on MCF-7 Cells, UMTAS, Malaysia.
Martinez M, Bruce NJ, Romanowska J, Kokh DB, Ozboyaci M, Yu X, Öztürk MA, Richter S, Wade RC.SDA7: A Modular and Parallel Implementation of the Simulation of
Diffusional Association Software. J.
Comput. Chem. (2015) 36, 1631-1645.
M.J. Abraham, D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, and the GROMACS development team, 2014, GROMACS User Manual version 5.0.4, www.gromacs.org [Diakses tanggal 22 maret 2017]
Mulja, M. dan Suharman, 1995, “Analisis Instrumental”, ed.1, Airlangga University Press, Surabaya.
National Cancer Institute, 2009, Breast Cancer, http://cancerweb.ncl.ac.uk/cancernet/1000 13.html, [Diakses tanggal 22 maret 2016].
Nugraha, A., Ruswanto, Lilis T., 2015. Sintesis
Senyawa 1-(4-Heptilbenzoil-3-
Metiltiourea) Dan Uji Sitotoksisitas
Terhadap Sel T47d Sebagai Kandidat
Antikanker, Sekolah Tinggi Kesehatan Bakti Tunas Husada.
Pamungkas, G. and I Gusti Made Sanjaya, 2013. Kajian Teoritis Untuk Menentukan Celah Energi Porfirin Terkonjugasi Logam Kalsium Menggunakan Teori Fungsional Kerapatan (DFT), UNESA Journal of Chemistry Vol. 2, No. 1.
Pebriana R.B, A.F Romadhon, A Yunanto. 2008.
Docking Kurkumin dan Senyawa
Analognya pada Reseptor Progesteron:
Studi Interaksinya Sebagai Selective
Progesterone Receptor Modulator
(SPRMSs). PHARMACON. 9 (1). Hal: 14
– 20.
Pubchem. 2016, 4-metyl benzoyl chlorid,, https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compou nd/36388#section=Top , [diakses pada 12 maret 2017].
Pusat Data dan Informasi Kementerian Kesehatan RI. 2015. Stop Kanker. Jakarta: Departemen Kesehatan.
R. Sjamsuhidajat. Jong, W. 2005. Buku Ajar Ilmu Bedah . Edisi 2. Jakarta : EGC.
Rask K, dkk, 2003, Wnt-Signalling Pathway In Ovarian Epithelial Tumours: Increased Expression Of Beta-Catenin And GSK3 bet, pubmeb, 89(7):1298-304
Ruswanto, 2013, Desain Dan Pemodelan Molekul Turunan 1,3-Dibenzoil Tiourea Sebagai Inhibitor Chk1 Secara In Silico, Jurnal Kesehatan Bakti Tunas Husada, vol 9, hal 14-21.
Ruswanto, 2014, Synthesis And In Vitro
Cytotoxicity Of 1-Benzoyl-3-Methyl Thiourea Derivatives, Procedia Chemistry 17 ( 2015 ) 157 – 161.
Ruswanto, 2015, Sintesis Senyawa 1-(4-Hephtilbenzoil-3-Metiltiourea) Dan Uji Sitotoksisitas Terhadap Sel T47d Sebagai Kandidat Antikanker, Jurnal Kesehatan Bakti Tunas Husada, vol 14, hal 143-153.
Ruswanto, Siswandono, Richa M, Tita N dan Tresna L., 2017, Molecular Docking of 1-Benzoyl-3-Methylthiourea as Anti Cancer Candidate and Its Absorption, Distribution, and Toxicity Prediction, J. Pharm. Sci & Res., Vol. 9(5), pp. 680-684.
Ruswanto, Mardhiaha, Mardianingrum, R., and Novitriani, K., 2015. Sintesis dan Studi In Silico Senyawa 3-Nitro-N'-[(Pyridin-4-Yl) Carbonyl] Benzohydrazide sebagai Kandidat Antituberkulosis, Chimica et Natura Acta 3(2), 54-61.
Ruswanto, Taufik H. (2013). Desain dan pemodelan molekul turunan 1,3-dibenzoil tiourea sebagai inhibitor chk1 secara in silico. Jurnal Kesehatan Bakti Tunas Husada. 9, 14-21.
Ruswanto, R., Nofianti, T., Mardianingrum, R., and Lestari, T. , 2018, Desain dan Studi In Silico Senyawa Turunan Kuwanon-H sebagai Kandidat Obat Anti-HIV, . J. Kim. Val. 4, 57–66.
Ruswanto, Mardianingrum, R., Nofianti, T., and Rahayuningsih, N. , 2017, Synthesis and Molecular Docking of Isonicotinohydrazide Derivatives as Anti-tuberculosis Candidates, Malaysian Journal of Fundamental and Applied Sciences, Vol. 15(3): 367-371, DOI: https://doi.org/10.11113/mjfas.v15n3.1030.
Sastrohamidjo, Hardjono dan Harno Dwi Pranowo. 2009. Sintesis Senyawa Organik. Jakarta:
Erlangga.
Siswandono dan Soekardjo, B., (2000). Kimia Medisinal. Edisi 2. Surabaya: Airlangga University Press.
Refbacks
- There are currently no refbacks.
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.