SIMULASI DINAMIKA MOLEKULAR SENYAWA TURUNAN LINKOMICYN PADA PROTEIN 3IRH SEBAGAI ANTIBIOTIK PENGAHMBAT RESISTENSI BAKTERI STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE MENGGUNAKAN APLIKASI GROMACS

Abstract

Pemodelan interaksi senyawa lincomicyn (LCM) turunan ke-2 dan protein pembawa dengan reseptor telah dilakukan menggunakan metode penambatan molekul dan dinamika molekul. Gromacs 5.14 digunakan pada simulasi ini. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi lincomicyn dengan turunanya sebagai anti bakteri untuk menghambat resistensi bakteri Streptococcus pneumoniae

Tahapan penelitian dilakukan dalam dua bagian besar secara berurutan. Tahapan pertama adalah simulasi penambatan molekul hingga diperoleh struktur senyawa obat yang paling baik. Kompleks dengan reseptor dan struktur terbaik tersebut kemudian disimulasikan dengan metode dinamika molekul dalam pelarut air pada tahapan yang kedua.

Tujuan penelitian : bertujuan untuk mengetahui aktivitas senyawa podophyllotoxin terhadap anti kanker menggunakan metode molekuler dinamik.