Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Aktif Akar Pakis Tangkur (Polypodium feei METT) Sebagai Inhibitor Enzim Inducible Nitric Oxide Synthase (iNOS)

Riska Prasetiawati, Alfina Damayanti, Deden Winda Suwandi

Abstract


Pendahuluan: Inflamasi merupakan respon imun bawaan yang berperan dalam sistem pertahanan tubuh terhadap benda asing dengan memicu serangkaian aktivitas enzim dan pelepasan mediator. Penyakit yang melibatkan proses inflamasi angka kejadiannya cukup tinggi. Bagian tanaman yang digunakan sebagai penelitian adalah akarnya. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi mekanisme kerja senyawa kandidat inhibitor enzim iNOS melalui simulasi Molecular Dynamic. Metode: Dilakukan secara in silico terhadap 4 senyawa uji dengan metode molecular docking, prediksi sifat druglikeness, Pre-ADMET, toksisitas dan molecular dynamic. Hasil: Hasil molecular docking menunjukkan keempat senyawa tersebut memiliki afinitas lebih baik terhadap reseptor enzim iNOS yaitu geranin A, (+)-afzelechin-O-β-4’-D-glucopyranoside, 3’-deoxydryopteric acid dan (+)-afzelechin dengan nilai energi bebas ikatan (∆G) lebih rendah dari ligan pembanding ibuprofen yaitu -7,7 kkal/mol. Dari hasil pengujian Pre-ADMET diketahui terdapat 1 senyawa memiliki profil absorpsi dan distribusi yang baik, 2 senyawa memiliki sifat drug likeness yang baik, 2 senyawa yang tidak toksik, dan pada hasil simulasi molecular dynamic menggunakan OpenMM selama 10ns menunjukkan keempat senyawa memiliki kestabilan yang lebih baik. Kesimpulan: Diperoleh senyawa pemandu geranin A, (+)-afzelechin-O-β-4’-D-glucopyranoside, 3’-deoxydryopteric acid dan (+)-afzelechin yang dapat dikembangkan sebagai antiinflamasi.


Full Text:

PDF

References


Aswad, M., Nursamsiar, Christine, L. & Hardianti, B. 2019. Studi Penambatan Molekul Senyawa-Senyawa Bioaktif dari Kulit Akar Murbei (Morus sp.). 23: 85– 100.

Dermawan D, Sumirtanurdin R, D.D. 2019. Molecular Dynamics Simulation Estrogen Receptor Alpha againts Andrographolide as Anti Breast Cancer. Indones J Pharm Sci Technol, 2: 65.

Elfita L, Apriadi A, Supandi S, D.S. 2023. Studi Penambatan Molekuler dan Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Turunan Furanokumarin terhadap Reseptor Estrogen Alfa (ER-α) Sebagai Anti Kanker Payudara. J Sains Farm Klin, 9: 255.

Ganie, M. A., Sahar, T., Rashid, A., Wani, I. A.,

Nisar, S., Sathyapalan, T. and Vishnubhatla, S., Ramakrishnan, L., Parvez, T., & Geer, I. 2019. Comparative evaluation of biomarkers of inflammation among Indian women with polycystic ovary syndrome (PCOS) consuming vegetarian vs. non-vegetarian diet. Frontiers in Endocrinology. 10: 699.

Hollingsworth SA, D.R. 2018. Molecular Dynamic Simulation for All. Neuro. 6: 29– 43.

Kesuma, D., Siswandono, S., Purwanto, B. and dan Hardjono, S. 2018. Uji in silico Aktivitas Sitotoksik dan Toksisitas Senyawa Turunan N- (Benzoil)-N’- feniltiourea Sebagai Calon Obat Antikanker. J. Pharm. Sci. Clin. Res., 1: 1–11.

Khan FH , Dervan E , Bhattacharyya DD , McAuliffe JD , Miranda KM, G. and SA. 2020. The role of nitric oxide in cancer: master regulator or not? Int J Mol Sci. 21: 9393.

Mardianingrum R, Bachtiar KR, Susanti S, Aas Nuraisah AN, R.R. 2021. Studi In Silico

Senyawa 1,4-Naphthalenedione-2Ethyl-3-Hydroxy sebagai Antiinflamasi dan Antikanker Payudara. ALCHEMY J Penelit Kim, 1: 83.

Mengist HM, Dilnessa T, J.T. 2021. Structural Basis of Potential Inhibitors Targeting SARS-CoV-2 Main Protease. 9: 1–19.

Muchtaridi, Y.M. 2018. Teori dan Praktek Penambatan Molekul (Molekular

Docking). 37–38.

Muttaqin FZ. 2019. Molecular Docking and Molecular Dynamic Studies Of Stilbene Derivative Compounds As Sirtuin-3 ( SIRT3 ) Histone Deacetylase Inhibitor On Melanoma Skin Cancer And Their

Toxicities Prediction. 2: 112–121.

Muttaqin FZ. 2019. Studi Molecular Docking, Molecular Dynamic, Dan Prediksi Toksisitas Senyawa Turunan Alkaloid Naftiridin Sebagai Inhibitor Protein Kasein Kinase 2-Α Pada Kanker

Leukemia. Pharmacoscript, 1: 49–64.

PreADMET. 202. Description of PreADMET. Available from: https://preadmet.webservice.bmdrc.org/description-ofpreadmet/ [Preprint].

Susanti, N. M. ., Laksmiani, N. P. L., Noviyanti, N. K. M., Arianti, K.M.& D. and K, I. 2019.

Molecular Docking Terpinen-4-OL Sebagai Antiinflamasi Pada Aterosklerosis Secara In Silico. 221– 228.

Suwandi DW, Rostinawati T, M.M.& S.A. 2021. Safety assessment of the Polypodium feei root extract: Acute and subchronic studies, Toxicology Reports. 8: 696–704.


Refbacks

  • There are currently no refbacks.