Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Aktif Akar Pakis Tangkur (Polypodium feei METT) Sebagai Inhibitor Enzim Inducible Nitric Oxide Synthase (iNOS)

Abstract

Pendahuluan: Inflamasi merupakan respon imun bawaan yang berperan dalam sistem pertahanan tubuh terhadap benda asing dengan memicu serangkaian aktivitas enzim dan pelepasan mediator. Penyakit yang melibatkan proses inflamasi angka kejadiannya cukup tinggi. Bagian tanaman yang digunakan sebagai penelitian adalah akarnya. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi mekanisme kerja senyawa kandidat inhibitor enzim iNOS melalui simulasi Molecular Dynamic. Metode: Dilakukan secara in silico terhadap 4 senyawa uji dengan metode molecular docking, prediksi sifat druglikeness, Pre-ADMET, toksisitas dan molecular dynamic. Hasil: Hasil molecular docking menunjukkan keempat senyawa tersebut memiliki afinitas lebih baik terhadap reseptor enzim iNOS yaitu geranin A, (+)-afzelechin-O-β-4’-D-glucopyranoside, 3’-deoxydryopteric acid dan (+)-afzelechin dengan nilai energi bebas ikatan (∆G) lebih rendah dari ligan pembanding ibuprofen yaitu -7,7 kkal/mol. Dari hasil pengujian Pre-ADMET diketahui terdapat 1 senyawa memiliki profil absorpsi dan distribusi yang baik, 2 senyawa memiliki sifat drug likeness yang baik, 2 senyawa yang tidak toksik, dan pada hasil simulasi molecular dynamic menggunakan OpenMM selama 10ns menunjukkan keempat senyawa memiliki kestabilan yang lebih baik. Kesimpulan: Diperoleh senyawa pemandu geranin A, (+)-afzelechin-O-β-4’-D-glucopyranoside, 3’-deoxydryopteric acid dan (+)-afzelechin yang dapat dikembangkan sebagai antiinflamasi.