SIMULASI DINAMIKA MOLEKULAR SENYAWA TURUNAN 4-THIAZOLIDINONE (C18H18FN3OS) TERHADAP PROTEIN 4KP7 SEBAGAI ANTI-INFEKSI MENGGUNAKAN APLIKASI GROMACS

Abstract

Menurut Wright (2003) mengemukakan bahwa nfeksi yang disebabkan oleh mikroba adalah salah satu penyebab utama kematian di seluruh dunia. Ketersediaan jumlah terbatas antibiotik untuk pengobatan infeksi, dan pembangunan berkelanjutan resistensi terhadap agen antimikroba baru digunakan, menimbulkan tantangan serius. Dalam metodanya dilakukan simulasi dinamika molecular yang mengganti pergerakan molekul-molekul yang saling berinteraksi dengan menyimulasikan molekul yang saling mendorong dan menabrak satu sama lain. 4-Thiazolidinones baru-baru ini dilaporkan inhibitor novel enzim bakteri Mur B (pendahulu selama biosintesis peptidoglikan) dan juga untuk memblokir beberapa mekanisme patogen bakteri berdasarkan teori yang dikemukakan oleh Tripathi (2014). Percobaan ini bertujuan untuk mensimulasikan dinamika molecular senyawa turunan 4-thiazolidinon (C₁₈H₁₈FN₃OS) terhadap protein 4KP7 sebagiai anti-infeksi menggunkaan aplikasi GROMACS. Terdapat beberapa tahap yang dilakukan sebelum simulasi dinamika molecular dilakukan, yaitu tahap persiapan topologi menggunakan pdb2gmx dan Gedit, persiapan box dan solvasi, menggunakan editconf dan genbox, Minimasi Energi menggunakan grompp dan mdrun, running simulasi, menggunakan grompp dan mdrun dan analisis grafik menggunakan Grace. Berdasarkan hasil yang didapat yaitu data analisis RMSD yang di dapat tidak terdapat grafik yang terjadi fluktuasi yang terlalu tajam yaitu berada pada 0,1 – 0,15 nm, sehingga protein dalam keadaan tetap stabil dan tidak terdenaturasi. Sedangkan data analisis RMSF menunjukkan bahwa residu yang semula rigid menjadi fleksibel, yang ditandai oleh banyaknya puncak yang muncul.