Desain Primer Secara In Silico untuk Amplifikasi Fragmen Gen Penghasil Biosurfaktan dari Staphylococcus epidermidis Isolat Lokal
Abstract
Biosurfaktan adalah senyawa aktif penurun tegangan permukaan yang diproduksi oleh mikroba yang memiliki keunggulan mudah didegradasi alam dan dapat diperbaharui. Produksi biosurfaktan skala industri belum diapat dioptimalkan karena kendala rendahnya produktivitas bakteri lokal. Dengan mengetahui gen penghasil biosurfaktan dari mikroba, dapat diharapkan produksi biosurfaktan dapat ditingkatkan. Pada penelitian ini dilakukan analisis bioinformatika untuk menentukan tipe, lokasi dan desain primer gen biosurfaktan terpilih pada Staphylococcus epidermidis untuk diamplifikasi menggunakan PCR. Sekuence gen dan protein biosurfaktan di analisis menggunakan program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) untuk menentukan derajat kesamaan di antara dua sekuence bakteri. Terdapat surfaktin sebagai kandungan biosurfaktan terbaik berupa surfaktin pada bakteri S.epidermidis ATCC 12228 dengan hasil penyejajaran signifikan nilai e-value 0,0, nilai query coverage sebesar 100% dan % identity sebesar 98,67%. Pasangan desain primer terbaik terpilih dengan panjang primer sebesar 20 pb untuk masing-masingnya. Primer ini dapat mengamplifikasi gen surfaktin S.epidermidis secara in siliko pada range area 10184-10521 pb, dengan panjang produk sebesar 357 pb.
References
Ciccyliona DY, Nawfa R. 2012. Pengaruh pH Terhadap Produksi Biosurfaktan oleh Bakteri Pseudomonas aeruginosa Lokal. J. Sains Dan Seni Pomits 1: 1-6.
de Lima Ferreira, J.K., de Mello Varani, A., Tótola, M.R. Almeida, M.F., Melo, D.S., Batista, C.F.S., Junior, A.C., Oliveira, K.K.P., Roesch, L.F.W., Pylro, V.S. 2022. Phylogenomic characterization and pangenomic insights into the surfactin-producing bacteria Bacillus subtilis strain RI4914. Braz J Microbiol 53, 2051–2063. https://doi.org/10.1007/s42770-022-00815-0
Elazzazzy AM, Abdelmoneim TS., Almaghrabi OA. 2015. Isolation and characterization of biosurfactant productiob under extreme environmental condition by alkali-halothermophilic bacteria from Saudi Arabia. Saudi Journal of Biological Science. V22 (4): p466-475 (DOI: 10.1016/j.sjbs.2014.11.018).
Furi, T. A., and P. Coniwanti. 2012. Pengaruh Perbedaan Ukuran Partikel dari Ampas Tebu dan Konsentrasi Natrium Bisulfit (NaHSO3) pada Proses Pembuatan Surfaktan. Jurnal Teknik Kimia No.4 18:49 – 58 (https://www.e-jurnal.com/2015/03/pengaruh-perbedaan-ukuran-partikel-dari.html).
NCBI News. 2006. New Database and View Options for Nucleptide BLAST Services. NCBI News. Fall/Winter 2006/7 Vol. 15, No. 2. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Newsltr/V15N2/BLView.html)
Pradnyaniti, D.., Wirajana, I.. & Yowani, S.. 2013. “Desain Primer secara in silico untuk Amplifikasi Fragmen Gen rpoB Mycobacterium tuberculosis dengan Polymerase Chain Reaction (PCR).” Skripsi. Universitas Udayana. Hal 124-130 (https://ojs.unud.ac.id/index.php/jfu/article/view/7387).
Reningtyas, R. & Mahreni 2015. “Biosurfaktan.” Eksergi, XII(2): 12–22 (https://eprints.upnyk.ac.id/13394/).
Saraswati, H., Seprianto, S. & Dwi Wahyuni, F. 2019. “Desain Primer Secara In Silico untuk Amplifikasi Gen cryIll dari Bacillus thuringiensis Isolat Lokal.” Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity 3(1): 33-38 (https://digilib.esaunggul.ac.id/public/UEU-Journal-17178-11_0540.pdf).
Sari M, Afiati F, Kusharyoto W. 2015. Potency of Oil Sludge Bacteria as a Producer of Biosurfactant and Antimicrobial Agents. Pros. Semin. Nas. Masy. Biodiversitas Indones. 1(1): 85-88 (DOI https://doi.org/10.13057/psnmbi/m010113).
Setiani, NA., Octaviyani, W., Hamdani, S., Mardiah, I. 2019. “Studies On Bio-surfactant Produced using Exiguobacterium profundum”. Acta Biochimica Indonesiana. Vol 2, Ed 2. Bandung: Indonesia Society for Biochemistry and Molecular Biology. Hal. 39 (DOI: 10.32889/actabioina.v2i2.37).
Théatre A, Cano-Prieto C, Bartolini M, Laurin Y, Deleu M, Niehren J, Fida T, Gerbinet S, Alanjary M, Medema MH, Léonard A, Lins L, Arabolaza A, Gramajo H, Gross H and Jacques P. 2021. The Surfactin-Like Lipopeptides From Bacillus spp.: Natural Biodiversity and Synthetic Biology for a Broader Application Range. Front. Bioeng. Biotechnol. 9:623701. doi: 10.3389/fbioe.2021.623701
Yamin, A. 2012. Ekstraksi Asbuton Dengan Mikroba (Isolasi Mikroba Asbuton). Bandung: Penerbit Informatika. Hal. 41-42. (https://binamarga.pu.go.id/bintekjatan/repositori/system/files/1.%20Ekstraksi%20Asbuton%20dg%20Mikroba%20-%20Anwar%20Yamin.pdf)
Yasmin A, Aslam F and Fariq A. 2022 Genetic Evidences of Biosurfactant Production in Two Bacillus subtilis Strains MB415 and MB418 Isolated From Oil Contaminated Soil. Front. Bioeng. Biotechnol. 10:855762. doi: 10.3389/fbioe.2022.855762
