AMPLIFIKASI GEN CAPSAICIN SEBAGAI GEN PENANDA PADA MIKROBA ENDOFIT BUAH CABE RAWIT

Abstract

Bakteri endofit merupakan mikroorganisme yang hidup pada jaringan tanaman. Bakteri endofit diketahui memiliki kemiripan genetik dengan tanaman inangnya. Amplifikasi gen pengkode capsaicin dengan menggunakan DNA bakteri endofit merupakan salah satu metode untuk melihat pola kemiripan genetik kelompok bakteri endofit dengan buah cabai rawit. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan amplifikasi DNA bakteri endofit buah cabai rawit dengan menggunakan gen pengkode capsaicin untuk dilihat bakteri endofit potensial penghasil capsaicin. Selanjutnya, dilihat pola kemiripan genetiknya dengan adanya pita pada hasil amplikon. Metode Isolasi bakteri endofit dengan menggunakan metode cawan tuang. Kemudian disubkultur isolat murni menggunakan metode cawan gores. Isolat murni bakteri endofit diekstraksi DNA dengan metode fenol-kloroform dan Kit DNA purification. Kemudian DNA bakteri endofit di amplifikasi dengan menggunakan primer spesifik. Dari hasil penelitian didapatkan empat isolat bakteri endofit buah cabai rawit yaitu BE1, BE2, BE3, dan BE4. Kemudian dilakukan amplifikasi dengan menggunakan primer spesifik. Hasil amplifikasi tidak menunjukkan adanya amplikon, untuk itu dilakukan optimasi lanjutan menggunakan touchdown PCR. Setelah optimasi terjadi amplifikasi antara primer dengan DNA templat yang menjadi DNA target. Dari hasil amplifikasi diketahui bahwa DNA target tidak menempel dengan primer spesifik gen pengkode capsaicin.